文藻校史館於2006年10月21日竣工啟用，時值文藻建校40週年校慶。本館空間約70坪，計分紀事廊道、歷史文物、及文藻精神溯源展板等三大類展示主題與區塊。

本館建館前，先後於正氣樓中樓、圖書館二樓及行政大樓三樓闢室展示校史文物；展示品及典藏品來源多元，創校時期及學校早期重要資料、文物等大多由第二、四任校長王曉風修女蒐藏捐贈。

迄至2006年，李文瑞前校長規劃建成本專屬展示空間，文藻的歷史遂正式擁有一座可以展現與再現的實體殿堂，同時發展數位展示及數位典藏計畫。

館內常設之展板詳述文藻創校精神及其歷史淵源與傳承，本館也將典藏數位化，展示網路化等工作，藉以傳播推廣文藻精神與傳承。

2026年，時值文藻建校60週年，亦為校史館建館20週年，本館新建新網站，將校史資料及典藏資料庫以全新面貌，讓校友及讀者更容易瀏覽及查詢資料。